Konstantin Veliki (Flavius Valerius Constantinus) svojim Milanskim ediktom 313. godine zaustavio je progon Hrišćanstva. Godine 324. Konstantin pobeđuje Likinija i postaje samodržac Rimske imperije.
Dvadesetog maja 324. godine počinje sa radom Prvi vaseljenski sabor u Nikeji, koji je sazvan radi arijanske jeresi. Na ovom saboru učestvovao je i jerusalimski episkop Makarije (u to vreme još nije bila osnovana jerusalimska patrijaršija). Episkop Makarije je za vreme Sabora nekoliko puta razgovarao sa Konstantinom o stvarima koje su se ticale svetih mesta u Jerusalimu. Tako je jednom prilikom pomenut idolopoklonički hram Afrodite, koji je bio podignut na Golgoti, ka kojoj su, kao mestu stradanja Hristovog, hrišćani već činili svoja hodočašća. U to vreme, sveta Jelena, majka cara Konstantina Velikog, doputovala je u Jerusalim sa namerom da vaspostavi pravu veru u Boga, a da na onim mestima, koja je Bogočovek Hristos Svojim nogama osvetio, podigne crkve.
Posebnu brigu sveta Jelena posvetila je oblasti Golgote. Na ovom mestu car Adrijan je postavio neznabožačke statue sa namerom da spreči hodočašće hrišćana na to sveto mesto. Prvi zadatak svete Jelene bio je da nađe Časni Krst. Njen trud urodio je plodom, pošto je u jednoj pećini na Golgoti pronašla Časni Krst, zajedno sa druga dva krsta na kojima su bili raspeti razbojnici. Kada je Časni Krst položen na jednu upokojenu ženu, ona je vaskrsla, čime je projavljena sila Časnoga Krsta. Posle ovog divnog čuda, čitavo mesto je očišćeno od idola, a potom osvećeno. Tako je mesto Raspeća i pogrebenja Hristovog postalo svima dostupno. Svi predmeti iz neznabožačkog hrama su uklonjeni, a radovima i uređenjem toga mesta postavljen je arheološki temelj ponovnog otkrivenja sveštenih mesta u Jerusalimu. Uz carsku pomoć, tada je prvi put izgrađena crkva Vaskrsenja na Golgoti. O tome nam svedoči Jevsevije Kesarijski, navodeći u svojoj Crkvenoj istoriji pismo koje je Konstantin Veliki uputio episkopu jerusalimskom Makariju. Konstantin Veliki je sam dao nacrt za izgradnju crkve, ali je u tome veliku slobodu dao i samome Makariju. Po Teodoritu Kirskom, sveta Jelena je predala Konstantinovo pismo episkopu Makariju. Sokrat u svojoj Crkvenoj istoriji svedoči da je crkva podignuta po planu arhitekte Zinovija. Elementi ovog projekta sačuvani su i u kasnijim rekonstrukcijama, kao na primer otvorena kupola (rotunda) iznad Svetog Groba (verovalo se da jedino nebo može pokrivati Grob Gospodnji).
Za izgradnju crkve Vaskrsenja uložen je veliki trud i podvig, jer je čitava oblast oko Svetog Groba morala biti uređena i poravnata. Pored toga, mesto Groba Gospodnjeg je tako napravljeno da je svuda oko njega moglo biti slobodnog prostora. Većina arheologa se slaže da je Golgota bila obuhvaćena i prvom crkvom, i to upravo u njenom današnjem obliku. To možemo zaključiti i iz mnogih drugih istorijskih spisa, kao što su svedočanstva, koja je u svojim Katihezama ostavio sveti Kirilo Jerusalimski (gl. 24).
Radovi na crkvi Vaskrsenja su završeni 325. godine, a osvećenje je bilo 13. septembra 336. godine u vreme Sabora u Tiru. Prva crkva Vaskrsenja poznata je kao „Konstantinova bazilika”, a delimičan opis o njenom nastanku zapisan je u delu Život svetog Konstantina od Jevsevija Kesarijskog.
Godine 614. persijski kralj Hozroj Drugog osvojio je Jerusalim. Tom prilikom Jerusalim je doživeo strašna razaranja. Brojni hrišćani stradali su od Persijanaca i njihovih saradnika Judeja. Tada je razrušeno više od trista manastira u Jerusalimu i okolini. Istu sudbinu doživele su i crkve u gradu, kao npr. crkva Presvete Bogorodice na svetom Sionu, izgrađena u vreme cara Justinijana u spomen Uspenja Presvete Bogorodice na Maslinskoj gori.
Crkva Vaskrsenja Hristovog je takođe bila meta mržnje Zorooasta, pa je bila spaljena. Persijanci su iz crkve pokrali sve najvrednije darove starije od trista godina, koje su crkvi Vaskrsenja darovali Konstantin Veliki i carica Jelena, a i carica Evdokija. Između ostalih dragocenosti, tu se našao i dijamantski krst Teodosija Drugog, koji je bio postavljen na Golgoti; veoma vredni krst carice Teodosije; putir od oniksa (za koji se verovalo da je sam Gospod Hristos na Tajnoj večeri pio iz njega); dijadema etiopske carice Elisvan; svete utvari iz Solomonovog hrama, veliki dar cara Justinijana. Najvrednija ukradena dragocenost bio je Časni Krst, koji se nalazio na zlatnom postolju na Golgoti i bio zapečaćen patrijaraškim pečatom. Ovaj događaj je uzdrmao hrišćanski svet. Časni Krst je, sa svim drugim dragocenostima, odnesen u glavni grad Persijskog carstva, a jerusalimski patrijarh Zaharija odveden je u ropstvo.
U ovo vreme, Modest, iguman manastira svetog Teodosija, uz pomoć aleksandrijskog patrijarha Jovana Milostivog, činio je sve da pomogne i uteši palestinske hrišćane. Sam je mnoge zarobljenike otkupio iz ropstva i brinuo se da prehrani mnoštvo sirotinje, a monaštvo da vrati u manastire. Ponovnu izgradnju crkve Vaskrsenja, Modest je počeo sa monahom Antiohom, sakupljajući pomoć na čitavom Istoku. U tom velikom podvigu pomagao im je sveti Jovan Milostivi, šaljući ne samo novac, već i mnoge radnike i potrebne materijale za izgradnju crkve Vaskrsenja.
Radovi na crkvi Vaskrsenja završeni su 626. godine. Međutim, zbog velikog siromaštva koje je vladalo u čitavoj oblasti, crkva nije obnovljena u istom sjaju kao prvi put. Predanje kaže da je prvi čovek koji se krstio u obnovljenoj crkvi Vaskrsenja bio jedan persijski vojnik, kasniji velikomučenik Anastasije Persijanac. Kada je vizantijski car Iraklije pobedio Persijance, oslobodio je patrijarha jerusalimskog Zahariju, a sam je uzeo Časni Krst i doneo ga u Konstantinopolj, a potom ga 630. godine vratio u Jerusalim. Taj događaj se praznuje kao Vozdviženje Časnoga Krsta, i od tada se u svim pravoslavnim crkvama 14. septembra praznuje taj jedinstveni događaj. Car Iraklije je dao velike priloge za obnovu i ukrašavanje crkve Vaskrsenja i drugih svetih mesta u Jerusalimu, a osiromašeni narod je oslobodio poreza, kako bi mu omogućio lakši život. Nova crkva Vaskrsenja bila je izgrađena u vizantijskom stilu, a istorijske podatke o njenoj obnovi, u vreme Iraklija, nalazimo u putnim zapisima Arkulfa iz 1680. godine.
Kalif Omar je 637. godine zavladao Jerusalimom. Po dogovoru sa patrijarhom jerusalimskim Sofronijem, on izdaje dekret (Actiname), kojim se osigurava vlast Romeja nad svetim mestima i definiše pravo i obaveze hrišćana. Ovaj dokument je garantovao sigurnost hrišćanima i svim hodočasnicima, kao i svetim mestima. Drugi dekreti, upućeni potonjim patrijarsima, detaljnije opisuju vlasnička prava vezana za sveta mesta.
Godine 813. u vreme kalifa Al Mamouna, patrijarh jerusalimski Toma počinje rekunstrukciju i obnovu kupole crkve Vaskrsenja. Radove je u najvećoj meri platio bogati Egipćanin Vokam. Potrebna građa je dovožena sa Kipra, a radovi su završeni 814. godine. Patrijarh Toma je, prilikom ovih radova, u središnjoj kupoli crkve ugradio jednu manju, sa ciljem da crkvu zaštiti od vremenskih nepogoda. Međutim, to je izazvalo protivljenje jednog moćnog muslimana Obaidvala, koji je, zbog ovih navodnih izmena na hramu, pokrenuo tužbu protiv patrijarha, optužujući ga da je crkva Vaskrsenja postala viša i od Omarove džamije. On je svojim uticajem uspeo da okrivi patrijarha i njegove saradnike, koji su potom bili uhapšeni. Prilikom svoje odbrane, a po savetu drugog dobronamernog muslimana, patrijarh Toma je pitao svoje tužitelje da li znaju koja je visina kupole. Pošto oni to nisu znali, otišli su posramljeni. Tako su patrijarh i njegovi saradnici bili oslobođeni, a ovaj dobronamerni musliman koji im je svojim savetom pomogao, bio je bogato nagrađen.
Odnosi jerusalimskih hrišćana i muslimanske vlasti zavisili su najviše od odnosa između Kalifata i vizantijskih careva.
Godine 969. jedna razjarena grupa muslimana upala je u crkvu Vaskrsenja i potpuno je demolirala, izražavajući nezadovoljstvo prema nekim odlukama tadašnjeg cara Nikifora Drugog Foke. Tom prilikom, jerusalimski patrijarh Jovan Četvrti stradao je mučenički, plamenom sažežen.
Godine 995. Egiptom je zavladao Hakim Ibn Amrilah, čija je majka bila hrišćanka. Istorija ga pamti kao jednog nepostojanog i nepredvidivog tiranina. Njegove odluke nikada nisu bile dugotrajne, što je imalo velikog uticaja na njegovu politiku, posebno u sferi odnosa prema veri. Progonio je hrišćane sa mnogo većim fanatizmom od njegovih prethodnika, želeći time da prikrije svoje hrišćansko poreklo. Najveći izraz njegove mržnje prema hrišćanima rezultirao je razorenjem crkve Vaskrsenja 1110. godine. Tvrdi se da je neko od njegovih ljudi u noći napada na crkvu Vaskrsenja ubacio psa u jerusalimsku džamiju, što je izazvalo veliki gnev muslimana usmeren protiv jerusalimskih hrišćana. Tada je Hakim naredio potpuno razorenje crkve Vaskrsenja, dok je razjarena masa rušila druga sveta mesta. Kada su ih porušili, muslimani su sakupili drva i sve ruševine spalili. U ovim stravičnim razaranjima preostala je samo Golgota, kao znak svetosti ovog mesta. Pre nego su završili svoje divljanje, fanatični muslimani su zarobili jerusalimskog patrijarha, oslepili ga i poslali u okovima u Kairo. Ovo drugo pustošenje crkve Vaskrsenja ostavilo je gorak utisak na čitav hrišćanski svet. Promenivši kasnije svoje mišljenje, Hakim je dozvolio ponovnu obnovu crkve, ali se niko nije usudio da to učini sve dok je trajala njegova tiranska vlast. Posle Hakimove smrti, nasleđuje ga njegov sin Dareh. U to vreme vizantijski car je bio Roman Treći. On će, u dogovoru sa Darehom, dobiti dozvolu za obnovu crkve Vaskrsenja. Tada počinju radovi na crkvi, koji će se nastaviti u vreme njegovog naslednika Mihaila i Konstantina Osmog Monomaha.
Posle progona kalifa Dareha, dolazi do novog sporazuma sa Konstantinopoljem. Shodno tom sporazumu, Konstantin Monomah oslobađa pet hiljada muslimana, sa ciljem da pomognu radove na obnovi crkve Vaskrsenja. Tako će 1048. godine radovi na crkvi biti završeni. Godine 1099. dolaze krstaši pred zidove Jerusalima. U pregovorima sa muslimanima zaključen je sporazum o zaštiti hrišćanskih svetinja, a 16. jula iste godine Jerusalim pada u ruke Franaka i njihovog vođe Gotfrida. Njihova vlast će trajati osamdeset osam godina. Za ovo vreme, Latini su pazili na crkvu i uz pomoć vizantijskih careva održavali je i čuvali od promena njenu građevinu. Oni su se posvetili prvenstveno obnovi latinskog patrijarhata, u čemu im je takođe pomogao vizantijski car Manuil Komnen. Godine 1187. Saladin progoni krstaše i postaje vladar Jerusalima. Zajedno sa konjanicima, i latinski klir napušta sveti grad. Saladin je, u cilju obezbeđenja crkve, zazidao sva vrata osim glavnih i postavio prozore na kupoli crkve. Uz to, Saladin je naredio da se uzme krst sa crkve Vaskrsenja, koji je krasio kupolu, i dozvolio da on bude nošen ulicama grada. Štete na crkvi bi bile i veće da nije bilo pravovremene intervencije vizantijske diplomatije. Car Isakije Angel o svemu je obavestio i samog sultana, posle čega Saladin izdaje dekret, po kome sve crkve u svetim mestima ponovo postaju vlasništvo Romeja. Ovaj dekret će kasnije biti postavljen na samom ulazu u crkvu. Od tada, pa sve do 1229. godine, pravoslavni hrišćani su imali vlast nad crkvom Vaskrsenja. Te 1229. godine, nemački car Fridrih Drugi Barbarosa osvaja Palestinu i postaje vladar u Jerusalimu. Ponovo dolazi do povratka latinskog klira, a pravoslavnima će sve do 1244. godine biti ukinuta sva prava, i oni će za to vreme trpeti velike strahote.
Egipatski sultan Saleh Egijup, 1244. godine osvaja Svetu Zemlju i vraća pravoslavnima vlast nad svetim mestima, predajući ključ crkve Vaskrsenja grčkom patrijarhu. Godine 1390. crkva Vaskrsenja biva potpuno obnovljena i renovirana uz pomoć grčkog cara Jovana Kantakuzina.
Krajem 14. i početkom 15. veka, muslimani su doživeli veliko stradanje od Mongola, tako da se održala samo jedna jaka dinastija Mameluka u Egiptu. Oni su preživeli zahvaljući suživotu sa Koptima u Egiptu. Koptima je pripadao jedan deo u hramu Vaskrsenja, kao i poneka druga sveta mesta. Od tada počinje pojava da se i drugim nepravoslavnima daje ponešto od svetih mesta. Oni su dobili kapelu gde je razdeljivana riza Gospoda Isusa Hrista i jedno mesto iza Groba Gospodnjeg (Baldahin). Maroniti su dobili kapelu na mestu Ne dotiči me se, a Jermeni mesto gde je stajala Presveta Bogorodica i sveti apostol Jovan.
Posle pada Konstantinopolja (što će dodatno otežati položaj pravoslavnih) monofiziti će se drznuti da traže i sam ključ crkve Vaskrsenja. Ovakvo stanje će trajati sve do 1517. godine, do dolaska otomanskog sultana u sveti grad Jerusalim. On će svojim hatišerifom garantovati prava i vratiti vlast nad crkvama i svetim mestima jerusalimskom patrijarhu Doroteju. I pored toga, godinama su trajale trzavice sa nepravoslavnima oko toga ko treba da poseduje ključ hrama. Sultana Selima nasleđuje njegov sin Sulejman, koji će ključ crkve Vaskrsenja predati na čuvanje muslimanima, i ta tradicija je sačuvana do danas. Godine 1537. potpisan je mir između Evropljana i Otomanske imperije, posle čega u Svetu Zemlju stižu franciskanski monasi. Oni su malo-pomalo latinizirali maronite i tako preuzeli njihova sveta mesta. Na sličan način, franciskanci će se proširiti i na druga sveta mesta.
Crkva Vaskrsenja je ponovo obnovljena 1720. godine, u vreme patrijarha Hrisanta, s tim što su predstavnici svake konfesije obnavljali deo crkve koji je pripadao njima, dok je Sveti Grob ostao kao što je i bio.
Crkva Vaskrsenja doživeće novu tragediju 1808. godine, kada će, nepažnjom jednog jermenskog mornara, izbiti požar na ikonostasu jermenske kapele. Požar se veoma brzo proširio, a u njegovom gašenju učestvovali su franciskanci i monasi bratstva Svetoga Groba. Međutim, plamen se toliko proširio da je uskoro stigao i do kupole. Od vatrene stihije u crkvi je sačuvan samo Grob Gospodnji. Ovo je bilo očigledno čudo, da Grob Gospodnji uopšte nije bio zahvaćen vatrom velikog požara u crkvi Vaskrsenja. U vreme ove tragedije, patrijarh jerusalimski Polikarp je bio u Konstantinopolju. Kada je čuo za požar u crkvi, obratio se vaseljenskom patrijarhu Kaliniku za pomoć. Tako oni zajedno kreću u obnovu crkve, u koju će se uključiti i drugi patrijarhati. Tom prilikom upućen je i dopis sultanu Mahmutu da odobri obnovu crkve. Radovi na obnovi crkve će početi 1809. godine, pod rukovodstvom carskog arhitekte Komninosa. Uprkos teškoćama koje su pravili nepravoslavni i nehrišćani, crkva je relativno brzo obnovljena, tako da će njeno ponovno osvećenje biti 13. septembra 1810. godine. Jednim delom radove je pomogla čak i Francuska vlada. Delovi crkve koji su pripadali nepravoslavnima bili su im ponovo vraćeni. Godine 1834. otvoreni su prozori na kupoli crkve Vaskrsenja, koji su zatvoreni u vreme Saladina.
Sredinom 1842. godine, crkva Vaskrsenja će doživeti novu obnovu, koju će izvesti pravoslavni Grci uz dozvolu sultana Medgita. I ovom prilikom u obnovi crkve delimično su učestvovali i Francuzi. Posle Krimskog rata, Rusija, Francuska i Turska odlučuju da zajedno obnove crkvu, zadržavajući status quo po pitanju vlasništva crkve. Ovi radovi su počeli 1867. godine i trajali su ukupno dve godine. Time su zaključeni najznačajniji dosadašnji radovi na crkvi Vaskrsenja Hristovog u Jerusalimu.
Posebnu brigu sveta Jelena posvetila je oblasti Golgote. Na ovom mestu car Adrijan je postavio neznabožačke statue sa namerom da spreči hodočašće hrišćana na to sveto mesto. Prvi zadatak svete Jelene bio je da nađe Časni Krst. Njen trud urodio je plodom, pošto je u jednoj pećini na Golgoti pronašla Časni Krst, zajedno sa druga dva krsta na kojima su bili raspeti razbojnici. Kada je Časni Krst položen na jednu upokojenu ženu, ona je vaskrsla, čime je projavljena sila Časnoga Krsta. Posle ovog divnog čuda, čitavo mesto je očišćeno od idola, a potom osvećeno. Tako je mesto Raspeća i pogrebenja Hristovog postalo svima dostupno. Svi predmeti iz neznabožačkog hrama su uklonjeni, a radovima i uređenjem toga mesta postavljen je arheološki temelj ponovnog otkrivenja sveštenih mesta u Jerusalimu. Uz carsku pomoć, tada je prvi put izgrađena crkva Vaskrsenja na Golgoti. O tome nam svedoči Jevsevije Kesarijski, navodeći u svojoj Crkvenoj istoriji pismo koje je Konstantin Veliki uputio episkopu jerusalimskom Makariju. Konstantin Veliki je sam dao nacrt za izgradnju crkve, ali je u tome veliku slobodu dao i samome Makariju. Po Teodoritu Kirskom, sveta Jelena je predala Konstantinovo pismo episkopu Makariju. Sokrat u svojoj Crkvenoj istoriji svedoči da je crkva podignuta po planu arhitekte Zinovija. Elementi ovog projekta sačuvani su i u kasnijim rekonstrukcijama, kao na primer otvorena kupola (rotunda) iznad Svetog Groba (verovalo se da jedino nebo može pokrivati Grob Gospodnji).
Za izgradnju crkve Vaskrsenja uložen je veliki trud i podvig, jer je čitava oblast oko Svetog Groba morala biti uređena i poravnata. Pored toga, mesto Groba Gospodnjeg je tako napravljeno da je svuda oko njega moglo biti slobodnog prostora. Većina arheologa se slaže da je Golgota bila obuhvaćena i prvom crkvom, i to upravo u njenom današnjem obliku. To možemo zaključiti i iz mnogih drugih istorijskih spisa, kao što su svedočanstva, koja je u svojim Katihezama ostavio sveti Kirilo Jerusalimski (gl. 24).
Radovi na crkvi Vaskrsenja su završeni 325. godine, a osvećenje je bilo 13. septembra 336. godine u vreme Sabora u Tiru. Prva crkva Vaskrsenja poznata je kao „Konstantinova bazilika”, a delimičan opis o njenom nastanku zapisan je u delu Život svetog Konstantina od Jevsevija Kesarijskog.
Godine 614. persijski kralj Hozroj Drugog osvojio je Jerusalim. Tom prilikom Jerusalim je doživeo strašna razaranja. Brojni hrišćani stradali su od Persijanaca i njihovih saradnika Judeja. Tada je razrušeno više od trista manastira u Jerusalimu i okolini. Istu sudbinu doživele su i crkve u gradu, kao npr. crkva Presvete Bogorodice na svetom Sionu, izgrađena u vreme cara Justinijana u spomen Uspenja Presvete Bogorodice na Maslinskoj gori.
Crkva Vaskrsenja Hristovog je takođe bila meta mržnje Zorooasta, pa je bila spaljena. Persijanci su iz crkve pokrali sve najvrednije darove starije od trista godina, koje su crkvi Vaskrsenja darovali Konstantin Veliki i carica Jelena, a i carica Evdokija. Između ostalih dragocenosti, tu se našao i dijamantski krst Teodosija Drugog, koji je bio postavljen na Golgoti; veoma vredni krst carice Teodosije; putir od oniksa (za koji se verovalo da je sam Gospod Hristos na Tajnoj večeri pio iz njega); dijadema etiopske carice Elisvan; svete utvari iz Solomonovog hrama, veliki dar cara Justinijana. Najvrednija ukradena dragocenost bio je Časni Krst, koji se nalazio na zlatnom postolju na Golgoti i bio zapečaćen patrijaraškim pečatom. Ovaj događaj je uzdrmao hrišćanski svet. Časni Krst je, sa svim drugim dragocenostima, odnesen u glavni grad Persijskog carstva, a jerusalimski patrijarh Zaharija odveden je u ropstvo.
U ovo vreme, Modest, iguman manastira svetog Teodosija, uz pomoć aleksandrijskog patrijarha Jovana Milostivog, činio je sve da pomogne i uteši palestinske hrišćane. Sam je mnoge zarobljenike otkupio iz ropstva i brinuo se da prehrani mnoštvo sirotinje, a monaštvo da vrati u manastire. Ponovnu izgradnju crkve Vaskrsenja, Modest je počeo sa monahom Antiohom, sakupljajući pomoć na čitavom Istoku. U tom velikom podvigu pomagao im je sveti Jovan Milostivi, šaljući ne samo novac, već i mnoge radnike i potrebne materijale za izgradnju crkve Vaskrsenja.
Radovi na crkvi Vaskrsenja završeni su 626. godine. Međutim, zbog velikog siromaštva koje je vladalo u čitavoj oblasti, crkva nije obnovljena u istom sjaju kao prvi put. Predanje kaže da je prvi čovek koji se krstio u obnovljenoj crkvi Vaskrsenja bio jedan persijski vojnik, kasniji velikomučenik Anastasije Persijanac. Kada je vizantijski car Iraklije pobedio Persijance, oslobodio je patrijarha jerusalimskog Zahariju, a sam je uzeo Časni Krst i doneo ga u Konstantinopolj, a potom ga 630. godine vratio u Jerusalim. Taj događaj se praznuje kao Vozdviženje Časnoga Krsta, i od tada se u svim pravoslavnim crkvama 14. septembra praznuje taj jedinstveni događaj. Car Iraklije je dao velike priloge za obnovu i ukrašavanje crkve Vaskrsenja i drugih svetih mesta u Jerusalimu, a osiromašeni narod je oslobodio poreza, kako bi mu omogućio lakši život. Nova crkva Vaskrsenja bila je izgrađena u vizantijskom stilu, a istorijske podatke o njenoj obnovi, u vreme Iraklija, nalazimo u putnim zapisima Arkulfa iz 1680. godine.
Kalif Omar je 637. godine zavladao Jerusalimom. Po dogovoru sa patrijarhom jerusalimskim Sofronijem, on izdaje dekret (Actiname), kojim se osigurava vlast Romeja nad svetim mestima i definiše pravo i obaveze hrišćana. Ovaj dokument je garantovao sigurnost hrišćanima i svim hodočasnicima, kao i svetim mestima. Drugi dekreti, upućeni potonjim patrijarsima, detaljnije opisuju vlasnička prava vezana za sveta mesta.
Godine 813. u vreme kalifa Al Mamouna, patrijarh jerusalimski Toma počinje rekunstrukciju i obnovu kupole crkve Vaskrsenja. Radove je u najvećoj meri platio bogati Egipćanin Vokam. Potrebna građa je dovožena sa Kipra, a radovi su završeni 814. godine. Patrijarh Toma je, prilikom ovih radova, u središnjoj kupoli crkve ugradio jednu manju, sa ciljem da crkvu zaštiti od vremenskih nepogoda. Međutim, to je izazvalo protivljenje jednog moćnog muslimana Obaidvala, koji je, zbog ovih navodnih izmena na hramu, pokrenuo tužbu protiv patrijarha, optužujući ga da je crkva Vaskrsenja postala viša i od Omarove džamije. On je svojim uticajem uspeo da okrivi patrijarha i njegove saradnike, koji su potom bili uhapšeni. Prilikom svoje odbrane, a po savetu drugog dobronamernog muslimana, patrijarh Toma je pitao svoje tužitelje da li znaju koja je visina kupole. Pošto oni to nisu znali, otišli su posramljeni. Tako su patrijarh i njegovi saradnici bili oslobođeni, a ovaj dobronamerni musliman koji im je svojim savetom pomogao, bio je bogato nagrađen.
Odnosi jerusalimskih hrišćana i muslimanske vlasti zavisili su najviše od odnosa između Kalifata i vizantijskih careva.
Godine 969. jedna razjarena grupa muslimana upala je u crkvu Vaskrsenja i potpuno je demolirala, izražavajući nezadovoljstvo prema nekim odlukama tadašnjeg cara Nikifora Drugog Foke. Tom prilikom, jerusalimski patrijarh Jovan Četvrti stradao je mučenički, plamenom sažežen.
Godine 995. Egiptom je zavladao Hakim Ibn Amrilah, čija je majka bila hrišćanka. Istorija ga pamti kao jednog nepostojanog i nepredvidivog tiranina. Njegove odluke nikada nisu bile dugotrajne, što je imalo velikog uticaja na njegovu politiku, posebno u sferi odnosa prema veri. Progonio je hrišćane sa mnogo većim fanatizmom od njegovih prethodnika, želeći time da prikrije svoje hrišćansko poreklo. Najveći izraz njegove mržnje prema hrišćanima rezultirao je razorenjem crkve Vaskrsenja 1110. godine. Tvrdi se da je neko od njegovih ljudi u noći napada na crkvu Vaskrsenja ubacio psa u jerusalimsku džamiju, što je izazvalo veliki gnev muslimana usmeren protiv jerusalimskih hrišćana. Tada je Hakim naredio potpuno razorenje crkve Vaskrsenja, dok je razjarena masa rušila druga sveta mesta. Kada su ih porušili, muslimani su sakupili drva i sve ruševine spalili. U ovim stravičnim razaranjima preostala je samo Golgota, kao znak svetosti ovog mesta. Pre nego su završili svoje divljanje, fanatični muslimani su zarobili jerusalimskog patrijarha, oslepili ga i poslali u okovima u Kairo. Ovo drugo pustošenje crkve Vaskrsenja ostavilo je gorak utisak na čitav hrišćanski svet. Promenivši kasnije svoje mišljenje, Hakim je dozvolio ponovnu obnovu crkve, ali se niko nije usudio da to učini sve dok je trajala njegova tiranska vlast. Posle Hakimove smrti, nasleđuje ga njegov sin Dareh. U to vreme vizantijski car je bio Roman Treći. On će, u dogovoru sa Darehom, dobiti dozvolu za obnovu crkve Vaskrsenja. Tada počinju radovi na crkvi, koji će se nastaviti u vreme njegovog naslednika Mihaila i Konstantina Osmog Monomaha.
Posle progona kalifa Dareha, dolazi do novog sporazuma sa Konstantinopoljem. Shodno tom sporazumu, Konstantin Monomah oslobađa pet hiljada muslimana, sa ciljem da pomognu radove na obnovi crkve Vaskrsenja. Tako će 1048. godine radovi na crkvi biti završeni. Godine 1099. dolaze krstaši pred zidove Jerusalima. U pregovorima sa muslimanima zaključen je sporazum o zaštiti hrišćanskih svetinja, a 16. jula iste godine Jerusalim pada u ruke Franaka i njihovog vođe Gotfrida. Njihova vlast će trajati osamdeset osam godina. Za ovo vreme, Latini su pazili na crkvu i uz pomoć vizantijskih careva održavali je i čuvali od promena njenu građevinu. Oni su se posvetili prvenstveno obnovi latinskog patrijarhata, u čemu im je takođe pomogao vizantijski car Manuil Komnen. Godine 1187. Saladin progoni krstaše i postaje vladar Jerusalima. Zajedno sa konjanicima, i latinski klir napušta sveti grad. Saladin je, u cilju obezbeđenja crkve, zazidao sva vrata osim glavnih i postavio prozore na kupoli crkve. Uz to, Saladin je naredio da se uzme krst sa crkve Vaskrsenja, koji je krasio kupolu, i dozvolio da on bude nošen ulicama grada. Štete na crkvi bi bile i veće da nije bilo pravovremene intervencije vizantijske diplomatije. Car Isakije Angel o svemu je obavestio i samog sultana, posle čega Saladin izdaje dekret, po kome sve crkve u svetim mestima ponovo postaju vlasništvo Romeja. Ovaj dekret će kasnije biti postavljen na samom ulazu u crkvu. Od tada, pa sve do 1229. godine, pravoslavni hrišćani su imali vlast nad crkvom Vaskrsenja. Te 1229. godine, nemački car Fridrih Drugi Barbarosa osvaja Palestinu i postaje vladar u Jerusalimu. Ponovo dolazi do povratka latinskog klira, a pravoslavnima će sve do 1244. godine biti ukinuta sva prava, i oni će za to vreme trpeti velike strahote.
Egipatski sultan Saleh Egijup, 1244. godine osvaja Svetu Zemlju i vraća pravoslavnima vlast nad svetim mestima, predajući ključ crkve Vaskrsenja grčkom patrijarhu. Godine 1390. crkva Vaskrsenja biva potpuno obnovljena i renovirana uz pomoć grčkog cara Jovana Kantakuzina.
Krajem 14. i početkom 15. veka, muslimani su doživeli veliko stradanje od Mongola, tako da se održala samo jedna jaka dinastija Mameluka u Egiptu. Oni su preživeli zahvaljući suživotu sa Koptima u Egiptu. Koptima je pripadao jedan deo u hramu Vaskrsenja, kao i poneka druga sveta mesta. Od tada počinje pojava da se i drugim nepravoslavnima daje ponešto od svetih mesta. Oni su dobili kapelu gde je razdeljivana riza Gospoda Isusa Hrista i jedno mesto iza Groba Gospodnjeg (Baldahin). Maroniti su dobili kapelu na mestu Ne dotiči me se, a Jermeni mesto gde je stajala Presveta Bogorodica i sveti apostol Jovan.
Posle pada Konstantinopolja (što će dodatno otežati položaj pravoslavnih) monofiziti će se drznuti da traže i sam ključ crkve Vaskrsenja. Ovakvo stanje će trajati sve do 1517. godine, do dolaska otomanskog sultana u sveti grad Jerusalim. On će svojim hatišerifom garantovati prava i vratiti vlast nad crkvama i svetim mestima jerusalimskom patrijarhu Doroteju. I pored toga, godinama su trajale trzavice sa nepravoslavnima oko toga ko treba da poseduje ključ hrama. Sultana Selima nasleđuje njegov sin Sulejman, koji će ključ crkve Vaskrsenja predati na čuvanje muslimanima, i ta tradicija je sačuvana do danas. Godine 1537. potpisan je mir između Evropljana i Otomanske imperije, posle čega u Svetu Zemlju stižu franciskanski monasi. Oni su malo-pomalo latinizirali maronite i tako preuzeli njihova sveta mesta. Na sličan način, franciskanci će se proširiti i na druga sveta mesta.
Crkva Vaskrsenja je ponovo obnovljena 1720. godine, u vreme patrijarha Hrisanta, s tim što su predstavnici svake konfesije obnavljali deo crkve koji je pripadao njima, dok je Sveti Grob ostao kao što je i bio.
Crkva Vaskrsenja doživeće novu tragediju 1808. godine, kada će, nepažnjom jednog jermenskog mornara, izbiti požar na ikonostasu jermenske kapele. Požar se veoma brzo proširio, a u njegovom gašenju učestvovali su franciskanci i monasi bratstva Svetoga Groba. Međutim, plamen se toliko proširio da je uskoro stigao i do kupole. Od vatrene stihije u crkvi je sačuvan samo Grob Gospodnji. Ovo je bilo očigledno čudo, da Grob Gospodnji uopšte nije bio zahvaćen vatrom velikog požara u crkvi Vaskrsenja. U vreme ove tragedije, patrijarh jerusalimski Polikarp je bio u Konstantinopolju. Kada je čuo za požar u crkvi, obratio se vaseljenskom patrijarhu Kaliniku za pomoć. Tako oni zajedno kreću u obnovu crkve, u koju će se uključiti i drugi patrijarhati. Tom prilikom upućen je i dopis sultanu Mahmutu da odobri obnovu crkve. Radovi na obnovi crkve će početi 1809. godine, pod rukovodstvom carskog arhitekte Komninosa. Uprkos teškoćama koje su pravili nepravoslavni i nehrišćani, crkva je relativno brzo obnovljena, tako da će njeno ponovno osvećenje biti 13. septembra 1810. godine. Jednim delom radove je pomogla čak i Francuska vlada. Delovi crkve koji su pripadali nepravoslavnima bili su im ponovo vraćeni. Godine 1834. otvoreni su prozori na kupoli crkve Vaskrsenja, koji su zatvoreni u vreme Saladina.
Sredinom 1842. godine, crkva Vaskrsenja će doživeti novu obnovu, koju će izvesti pravoslavni Grci uz dozvolu sultana Medgita. I ovom prilikom u obnovi crkve delimično su učestvovali i Francuzi. Posle Krimskog rata, Rusija, Francuska i Turska odlučuju da zajedno obnove crkvu, zadržavajući status quo po pitanju vlasništva crkve. Ovi radovi su počeli 1867. godine i trajali su ukupno dve godine. Time su zaključeni najznačajniji dosadašnji radovi na crkvi Vaskrsenja Hristovog u Jerusalimu.
